Achtung
Dieser Beitrag ist schon sehr alt, und die Infos hier sind sicherlich hoffnungslos veraltet…
Flacon
Ubuntu
Das Programm flacon kann FLAC+CUE-Dateien in Singel-Tracks aufsplitten und gleichzeitig in andere Formate konvertieren.
sudo apt-add-repository ppa:flacon/ppa && sudo apt-get update && sudo apt-get install flacon